圣保罗教堂建于1521年，与圣保罗城堡一同由葡萄牙人建造，是欧洲人在东南亚修建的最古老教堂。因为著名传教士圣方济埋葬于此，所以教堂前竖立有圣方济神父的雕像。圣保罗教堂所在的高地上，能够俯瞰大半个马六甲。

经过战争的圣保罗教堂断瓦残垣，外墙上留有很多弹孔，连屋顶都在战争中被炸烂。所以荷兰人另建教堂，圣保罗教堂则变成荷兰贵族的墓地，现在教堂内竖立的一块块写有拉丁文和葡萄牙文的石板，是当年贵族们的墓碑。